Tatsächlich ist es so, dass Du mit der Methode "Stop()" jedes Flash anhalten kannst
Das trifft afaik auf eine simple Flash Animation aus z.B. 200 Frames zu, die man so z.B. bei Frame 40 stoppen kann. "Stop()" ist das Pendant zu "rechte Maustaste auf Flash und Anhalten klicken".
Das EMFF Ding wird aber vermutlich aus max. 2 Frames bestehen, der Rest ist ActionScript. Ergo hilft dir "Stop()" hier nicht.
Soweit EMFF dir keinen explizieten JavaScript Zugriff bietet, kannst du dir wie folgt helfen: Entferne dein Flash Object aus dem DOM, dann wird es auch verstummen.