Ich erkenne keinen zusammenhang zwischen deinem readkey und dem timer.
start() läuft alle 350 ms, bis das von clearInterval beendet wird. Eine pause macht das aber nicht und hat auch mit dem readkey nichts zu tun.
Vergiss das mit der pause. Merk dir einfach die uhrzeit, bei der eine taste gedrückt wurde und dann siehst du ja ob der tastendruck innerhalb der vorgegebenen zeit war.