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suitIch freue und bedanke mich schon vorweg für jeden Tipp.
Das Flash ist einfach absolut hinter die Seite positioniert
Theorie (vereinfacht):
<body>
<div id="container" />
<object width="100%" heigth="100%" />
</body>
Das object-Element ist absolut in die linke obere Ecke positioniert, der Container mit relativ einem entsprechenden z-index darüber.
That's it.