Es sind einige Schritte mehr notwendig und es kann immer nur eine einzelne Datei ausgewählt werden. Das ist einerseits transparent und anderseits erfordert es eine gewisses mitdenken. Wenn nun ganze Ordner ausgewählt werden können, verringern sich diese Kontrollmöglichkeiten und bietet mehr Angriffsfläche.
Also soweit ich das verstehe, lassen sich über DnD bzw. <input type=file> zusammen mit der File-API immer nur einzelne Dateien auswählen und verarbeiten. Der Benutzer muss sie also explizit auswählen, was er jetzt ggf. zusätzlich kann, ist das gleichzeitige Auswählen mehrere Dateien (<input type=file multiple>).
Was passiert, wenn man einen ganzen Ordner auf die Website zieht, weiß ich nicht. Aber ich habe noch nicht davon gehört/gelesen, dass man den dann selbst durchlaufen kann und Zugriff auf alle Dateien darin bekommt.
Übrigens habe ich mich geirrt und die File-API (insb. der FileReader zum Lesen von ausgewählten/gedroppten Dateien) funktioniert bereits in Firefox 3.6:
http://hacks.mozilla.org/2009/12/w3c-fileapi-in-firefox-3-6/
steht auch so in dem Link in meinem Ursprungsposting
Mathias