Wie man ausschließt, dass existierende Dateien/Verzeichnisse von RewriteRules erfasst werden, steht doch im gezeigten Code bereits drin und ist auch kommentiert. Du musst es also nur noch für diese Regeln ebenfalls anwenden.
Ich kann dir folgen, bei der Umsetzung hapert es aber.
Ich muss also zusätzlich diese beiden Zeilen kopieren und für die Regel verändern:
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
...nur wie? Ich kenne mich leider nicht mit der Syntax aus.