Ergänzung:
Die Kodierung der JavaScript-Dateien, die eine HTML-Ressource per Ajax laden, ist für die korrekte Verarbeitung der Ajax-Antwort nicht relevant.
Es sei denn, du lädst per Ajax kein HTML, sondern JavaScript-Code, also beispielsweise JSON. Dann gilt dasselbe, die Kodierung gibst du im HTTP-Header »Content-Type« an.
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<?php
header('Content-Type: application/javascript; charset=iso-8859-1');
?>
{
'dies' : 'ist eine beispielhafte JSON-Response',
'sie' : 'kann natürlich auch [link:http://php.net/manual/de/function.json-encode.php@title=mit PHP generiert werden]'
}
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