Windows verwaltet zwei oder mehr Monitore komplett getrennt (wenn man möchte, sogar mit separaten Treibereinstellungen), und kombiniert die beiden Bilder zu einem logischen Desktop. Jeder Grafiktreiber kann dann seinen Bildschirmpuffer (Framebuffer) schon direkt in der Orientierung anlegen, die der Nutzer wünscht.
Linux dagegen verwaltet einen großen Desktop, und teilt jedem Monitor ein Stück davon zu. Dabei wird zweistufig "gebuffert". Man erzeugt also erst ein virtuelles großes Bild, und bearbeitet das dann nochmal, was zusätzlichen Rechenaufwand bedeutet - zumal die OpenSource-Treiber die Möglichkeiten der Grafik-Hardware nur eingeschränkt unterstützen.
Das kommt darauf an, wie der Grafikkartentreiber beschaffen ist - wenn Windows nicht merkt, dass es zwei Monitore sind ...
AMD Eyefinity tut das z.B. es gaukelt dem Betriebssystem "einen" Monitor vor, der halt "irgendwie" beschaffen ist.