Ich lade ein Bild hoch, bevor ich es abspeichere überprüfe ich ob es sich um ein jpg handelt.
Fällt mir jetzt spontan ein:
Du nimmst die Datei, die hochgeladen wurde, erzeugst per GD-Lib ein neues JPG und kopierst die hochgeladenen Datei per copyimageresampled() in das neue Bild.
Wenn das hochgeladene Bild kein Bild war, dürfte es ne Fehlermeldung geben (nicht getestet, nur eine Idee). Wenn das Bild selbst aber nen Virus o.ä. enthält, wird das vermutlich auch nicht helfen. Da wirst du serverseitig wohl nochmal per externen Programm auf Viren etc.prüfen müssen.
Inwieweit es sicher ist, wenn du den Dateianfang prüfst, weiss ich nicht.
Sollten diese Vorschläge schonmal im Thread erwähnt worden sein, einfach ignorieren. Beim "neuen" Thema im Thread ist das dann wohl irgendwie untergegangen :D