Hallo buhbeamter,
... Verzeichnisbaum ...
... weit über 100 HTML Seiten einbinden ...
ich glaube, du solltest die ganze Programmiererei erst mal sein lassen. Viel wichtiger wäre es, wenn du dein Projekt vernünftig strukturierst. Über 100 Links auf über 100 Seiten finde ich nicht wirklich sinnvoll, auch nicht, wenn sie per Javascript teilweise ein/ausgeblendet werden können.
Zerleg dein Projekt in Unterprojekte (Rubriken, ...). Dann ist die Navigation und deren Pflege auch kein Problem mehr. Ein Beispiel:
Startseite hat 10 Links auf die 10 Rubrikenstartseiten
Rubrikenstartseiten und Inhaltsseiten haben je 10 Links auf Inhaltsseiten
der eigenen Rubrik, evtl. auch Links zu den anderen Rubriken, evtl. auch in Ordnerstruktur.
So eine Struktur lässt sich auch noch problemlos von Hand pflegen und benötigt weder Javascript noch PHP.
Gruß, Jürgen