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Meine Frage lautet also:
Wie doumentiere ich bzw. reiche ich das ganz nun legal und richtig beim Finanzamt ein?
Frag beim Finanzamt nach - in Österreich würdest du einfach eine Einkommensteuererklärung mit "Einkünfen aus selbständiger Arbeit" machen - und die Sache ist erledigt. Die musst du extra versteuern - zugleich zahlt dein Arbeitgeber aber keine Lohnnebenkosten usw. Der Vorteil für deinen Chef ist: es kostet ihn weniger und du bekommst mehr dafür. Du darfst aber nicht vergessen, dass dir hier ggf. - wenn du dann weniger arbeitest - möglicherweise Versicherungszeiten fehlen.
Die Rechnungen die du deinem Chef stellst, sind dann - weil Kleinunternehmer - ohne Umsatzsteuer (das muss aber auch drauf stehen), dein Chef darf dafür aber auch keine Vorsteuer abziehen.
Das ist ziemlich sicher in Deutschland auch so, da das Umsatzsteuergesetz ja innerhalb der deutschsprachigen Länder vor Jahrzehnten "harmonisiert wurde" und innerhalb der EU vor ein paar Jährchen auch.
PS: Wenn du Vollzeit arbeitest, dein Gehalt einfach weniger wird die Differenz als separate Rechnungen verfasst werden, kann ich die einwände deines Chefs nachvollziehen - das sieht ganz nach einer nicht legalen Sache aus, da du hier die Krankkassa bzw. Pensionskassa hintergehst, weil weniger Lohnnebenkosten entstehen.
Also vorher mit dem Finanzamt abklären - die können dir das genau sagen - und lass es dir jedenfalls schriftlich geben.
Der Martin