Das Problem ist, das wenn ich mich bei einer Webseite einlogge und dort die Session-Variable login = true gespeichert wird, das ich dann bei allen anderen Seite auch eingeloggt bin.
Klingt erstmal wenig unglaubwürdig - Cookies sidn üblicherweise die primäre Methode um Sessions zu übertragen und die sind nicht Domainübergreifend nutzbar - ein Single Sign-on-System funktioniert nicht "einfach so".
Gibts da nicht die Möglichkeit pro Domain eine Session zu bekommen?
Ich gehe davon aus, dass du Sub-Domains meinst und nicht gänzlich unterschiedliche Domains:
http://php.net/manual/en/function.session-set-cookie-params.php