Wie genau meinst du das? Wenn ich bei meinem Beispiel die Rahmen bspw. auf 0.5em Breite setze und den Content-Container einen top-Wert von 3em gebe, habe ich das gleiche in grün: Beim Zoomen im Browser entsteht irgendwann eine Lücke. (Gerade getestet mit Chromium :)
Eine Notlösung wäre IMHO dem body die gleiche Hintergrundfarbe zu geben, wie dem Header (bzw. dem 2. Header). Dann entsteht zwar immernoch die Lücke, aber man sieht sie nicht so offensichtlich. Wenn es jedoch anders geht, würde ich die andere Lösung bevorzugen. :)