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Meine Lösung setzt weiter oben an, da wo die Responses zusammengebaut werden (PHP, Perl), benutze ich Templates. Diese T. enthalten HTML, Links den jeweiligen JS-Klassen/Modulen, die JS-Funktionen/Methoden selbst und auch die Links zu den jeweiligen CSS-Dateien.
Das wird sehr übersichtlich und hat darüber hinaus den Vorteil, dass in den JS-Funktionen auch Platzhalter notiert sein können die dann beim Expandieren mit Werten bestückt werden (Strings, Zahlen...), eine JS-Funktion kann so mit Werten arbeiten, die serverseitig erstellt wurden.
Du belastest den Webserver damit um das zigfach nötige und musst außerdem den Client noch (be)hindern, statische Ressourcen zu cachen. Supi!