unknown: "Welche" cmd benutzt PHP exec()? Bzw. wie kann ich sie ändern.

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aber wenn das System an andere Stelle verpflanzt wird, und es nicht geht, weiß keiner mehr, warum.

Und wenn du eine weitere Matlab-Anwendung starten willst, und es nicht geht, weiss keiner mehr, warum.

Also werde ich es so machen, dass die Umgebungsvariablen in der batch, die es sowieso schon gibt, gesetzt werden.

Also anstelle einmal die Ursache des Problems zu beheben willst du lieber jedesmal eine Umgehungsmöglichkeit suchen?
Entweder hast du Matlab "Nur für den aktuellen Nutzer" installiert und solltest es beim nächsten mal für alle installieren, oder Matlab macht bei der Installation einen Fehler, dann würde ich diesen melden und erstmal beheben.