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Der symbolische Link hat den Namen S10eclipse und von der Zahl her am niedrigsten. Anscheinend wird er aber nicht ausgeführt.
Der gleiche Script aber andere Parameter geht beim Start des Systems. Quasi schreibt es nur anderen Inhalt in die Datei.
Er liegt in /etc/rc2.d und funktioniert einwandfrei.
Der symbolische Link (oder gleich das Skript) sollte den Namen K01eclipse tragen und ebenfalls in /etc/rc2.d liegen.
Informationen zum alten init findest Du unter:
http://wiki.ubuntuusers.de/Dienste
Wenn Du ein Ubuntu jünger als Version 8 hast, dann solltest Du es gleich richtig machen:
http://wiki.ubuntuusers.de/Upstart