"Warte-Schleife" mit return-Werten

[unknown]

Das heißt, damit ich es richtig verstehe, packe die "Warte-Schleife" in eine separate Funktion packen, mit der Variable (Array) out und da mittels dieser Schleife die Werte von out abändern?

Es gibt keine "Warte-Schleife".

Du hattest vorher irgendwo stehen

var ret = Ueberpruefen_ob_Daten_vorhanden( list, infile, list_ISSUE_Pruefung );
// code der was mit ret macht

Den code der was mit ret macht packst du in eine Funktion.

function callback(ret)
{
  // code der was mit ret macht
}

und diese Funktion rufst du im onclick auf, wenn alle Zeilen abgearbeitet wurden und übergibst ihr deine out-Variable.