NoWissen: Site auteilen in CSS und HTML

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Hallo zusammen,

wer kann mir eventuell, mit möglichst etwas ausführlicher, Erklärung bei meinem Problem helfen? Bin noch ein ziemlicher Frischling auf dem Gebiet von CSS und in HTML auch noch nicht sooo tief drin.

Bislang hatte ich meine Intranetpage über eine Javascriptnavigation bedient. Da aber mit jedem neuen Browser auch das Navigationsprogramm geändert werden muß wollte ich eigentlich mit der von SELFHTML vorgestellten "Dynamischen CSS-Navigation für moderne Browser" (Link dort hin: http://de.selfhtml.org/css/layouts/anzeige/nav_modern.htm) weiterarbeiten.

Nun zur bisherigen Vorgehensweise:
Nach dem ich es geschafft habe die Größen und Farben der Button an meine Bedürfnisse in CSS anzupassen, habe ich diese gesamte Site in mehrere Dateien aufgeteilt. Zum einen den CSS-Anteil in eine eben solche Datei, den HTML-Anteil in eine HTML-Datei und den Javascript-Anteil auch in eine eigene Datei gegeben und gespeichert.
Danach habe ich eine ganz neue Site begonnen die dann in der Struktur so aussieht:

<html>
<head>
  <meta-Daten>
  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="Navi/navi.css"> (Formatierung der Navigation)
  <script type="text/javascript" src="Navi/navi.js"></script> (Java zur Navigation)
</head>

<body>
  <h1>Überschrift</h1>

<div id="Rahmen"><ul id="Navigation">
  <script type="text/html" src="Navi/navi.html"></script> (Links zur Sitenavigation)
  </ul><div></div></div>

Sitetext

</body>
</html>

Bei dieser Vorgehensweise kann man die Farbe entsprechend der Formatierung in der CSS-Datei sehen. Die Überschrift und den Sitetext sind ebenfalls zu sehen, aber keine Buttons und auch kein Buttontext.
Läst man alles in einer Datei so wird alles wie gewünscht angezeigt, aber das ist nicht der Sinn der Sache denn bei mehr als 1400 Seiten (Tendenz steigend) sollen und müssen diese einzeln gesteuert werden.
Möglicher Weise fehlt es an der Übergabe von Variablen??? Darum wenn hier mir jemand entsprechenden Typ(s) geben könnte wär ich schon dankbar dafür.