Hi,
Änderungen und Erweiterungen gestalten sich dann imho "schwieriger", als wenn du von vornherein dein eigenes "System" entwickelt hättest.
Bootstrap ist in LESS geschrieben, benutzt also selbst definierte Mixins, um Code zu erzeugen, und ist relativ modular. Es basiert selbst auf anderen Stylesheets wie reset.css. Es ist eigentlich kein Problem, Teile daraus zu nehmen, aufzuräumen und anzupassen, sofern man denn LESS benutzt.
Mathias