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Hallo,
a wird standardmäßig als Inline-Box (display: inline) dargestellt. Vertikales padding von Inline-Boxen erhöht nicht die Höhe der zugehörigen Zeilenbox und damit auch nicht die Höhe der umgebenden Block-Box. Vertikales margin wird m.W. komplett ignoriert.
Du suchst vermutlich display: block für die a-Elemente. Das sorgt dafür, dass margin und padding die Elternbox vergrößern. Auch um die Klickfläche zu vergrößern ist es üblich, a-Elemente in Navigationen mit display: block zu formatieren.
Mathias