unknown: Welche Datenbank nehme ich am besten? :)

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hm.... ist es möglich nur einen kleinen teil einer xml datei einzulesen und zu updaten?

Mit einem SAX Parser sollte das gehen. Parsen kannst du dann alles, aber nur relevante Teile rausfischen.

falls ja, könnt ich mir das was ich brauche über xml selber schreiben, oder?

Du willst deine Knoten in XML halten und dann jedesmal, wenn du einen Knoten suchst das XML parsen? Das dauert wesentlich länger als mit deiner DB.
Ob die von Kay genannten dich bei eiem Graphen unterstützen und schon wesentliche Dinge wie kürzeste Wege Suche schon implementiert haben oder nur darauf basieren kann ich dir nicht sagen. Ersteres wäre natürlich von Vorteil aber auch mit MySQL oder SQLLite, sollte das gehen.
Soweit ich dich verstanden habe, nutzt du doch nur eine DB weil die Masse an Knoten und Verbindungen nicht als Matrix im Speicher haltbar ist. Das ist Laufzeitmäßig natürlich wesentlich schlechter. Welche DB mit SQL Syntax dann am schnellsten ist, lässt sich ja dann relativ leicht testen.
Wenn du eine findest, die darauf spezialisiert ist Graphen zu speichern, wird diese natürlich unschlagbar sein im Vergleich zu einer SQL-Datenbank.