Benutze IPC::System::Simple.
use IPC::System::Simple qw(capturex);
my @php_output = capturex([0], 'php', 'path/to/the/program.php', 'some', 'more', 'arguments');
Im Fehlerfall wirft das automatisch eine Exception, im Gegensatz zu den eingebauten Funktionen system/qx.