Habe noch mal einige Testdurchläufe gemacht und ich vermute, dass das Problem daran liegt, dass "pmentry" und "para0" stellenweise auf der gleichen Ebene liegen. Das xsl:number-Element wird damit wohl nicht zurechtkommen.
Habe deshalb "von Hand" eine Kapitelnummerierung umgesetzt. Sicherlich nicht die eleganteste Variante, aber es funktioniert.