Encoder: Schleife unterbrechen

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Aber wenn ich das Ganze rein über PHP mache, kann ich nur sehr lange davor sitzen und warten oder? So weit ich weiß kann ich hier nichts zwischenzeitlich ausgeben oder?

Wenn du eine Ausgabe siehst musst du aber genauso lange drauf warten. Irgendwann tritt ein Timeout auf und deine Aktion ist unterbrochen.
Was soll es überhaupt werden, ist das was einmaliges das nur du machst oder soll ein Kunde oder sonst jemand das starten? Der wartet sicher nicht so lange.
Wenn es eine Wartungsarbeit an der DB ist, würde ich das ganz anders lösen als über eine Webseite.