Hallo,
Im Prinzip reicht schon die Änderung
z-index: 999;
Astronomisch hohe z-indizes sind nicht nötig. z-index: 1 oder 2 reicht fürs Erste aus.
Erst wenn man im Inhalt einen höheren z-index verwendet (und dieser im gleichen Stacking-Kontext mit dem fixiertem Menü konkurriert), muss der des Menüs erhöht werden.
Am besten stellt man sich für ein Projekt eine definitive Liste mit den verwendeten Z-Indizes zusammen, sonst herrscht Wildwuchs und man muss sich ständig mit höheren Z-Indizes übertreffen. Beispiele aus zwei Projekten, an denen ich gearbeitet habe:
https://github.com/bertelsmannstift/GED-VIZ/blob/master/doc/css-z-indices.txt für http://viz.ged-project.de
http://pastebin.com/Lq0QRS5x für http://data.oecd.org
Mathias