An welcher Stelle tritt denn welches Problem auf?
Wenn ich in das Array "pack('v', 0x00)" einfüge, schrumpft das betroffene Element auf 1 Byte. Könnte auch am Implode liegen. Aber wenn ich die Daten byteweise einschreibe, dann bleiben auch die "00" (Hex) erhalten.
Willst Du die Festplatte vollbekommen und nun dauert es länger, oder wo ist nun das Problem?
Was Du beschreibst ist ggf. die Ursache für ein Problem. Das Problem tritt ggf. bei der weiteren Verwendung auf, von der Du aber mit "Ich muss Binärdaten bearbeiten." nicht genug mitgeteilt hattest. Ob 00000000b AND 00000001b oder 0b AND 00000001b ist doch in der Regel Schnuppe.