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Hallo TS,
ich gehe davon aus, dass du Debian verwendest. Debian braucht einen User mit Root-Rechten, um die Logfiles zu refreshen (das machen sie mit mysqladmin). Die Daten dazu stellt man in /etc/mysql/debian.cnf ein. In der Default-Konfiguration ist das bereits der Fall, aber bei dir sieht es so aus, als sei da was schief gegangen, das würde ich zuerst überprüfen.
Wenn das nicht hilft, würde ich mal /usr/bin/mysqladmin --defaults-file=/etc/mysql/debian.cnf flush-logs mit steigenden Debug-Levels ausführen und schauen, was genau denn da schief geht.
LG,
CK
TS