Schritt für Schritt vorgehen, da findest Du auch den Fehler. Guck zuerst, ob Deine Quelldatei tatsächlich UTF-8-kodierte Zeichen hat. Die kyrillischen haben eine bestimmte Bytefolge, z.B.
CYRILLIC CAPITAL LETTER EF Ф
hat die Bytefolge D0 A4. Kyrill. Zeichen in UTF-8-Kodierung haben also Bytes von D0 80 bis D4 91, das sind die die mein Browser darstellen kann. Nach solchen Bytefolgen also gucken, ob die tatsächlich so vorliegen. Und dann gucken, ob der PDF-Konverter damit umgehen kann.
Wenn die Zeichen in ISO sind, sind die PDF dann lesbar? Wäre auch zu testen.