Frage: Ist sicher, dass die Ursache darin zu finden ist, dass die entsprechende Datei zur Session gelöscht wurde?
Diese Frage kannst Du beantworten. Nicht indes ein Leser in einem Forum, der weder Deinen Code kennt noch irgendetwas über Dein System weiß.
~> grep 'maxlifetime' /var/log/syslog
als hoffentlich berechtigter $USER sagt Dir (wahrscheinlich, weil auch das verbiegbar ist), ob überhaupt Sessions via Cronjobs gekillt werden.