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Rolf bHallo Thomas,
in diesem Fall heißt die Antwort "kommt drauf an". Du hast eine ganze Menge an Möglichkeiten.
Grundsätzlich ist das Speichern einer Datei über die HTTP Verben PUT und POST möglich, zumindest war das mal die Idee von HTTP, das setzt aber entsprechende Autorisierungen voraus. Ich hab's noch nie versucht, eine nackige Datei an einen IIS zu PUTten. Vielleicht macht er es sogar wenn der User, mit dem Du den Request durchführst, Schreibrecht auf den Ordner hat in dem das Web liegt (bzw. einen Upload-Unterordner). Problem in dem Fall ist aber, dass auf dem Server kein Signal ausgelöst wird dass jemand einen Upload gemacht hat. D.h. Du musst die Weiterverarbeitung selber irgendwie anstoßen (mit der Maus am Arm, mit der Aufgabenplanung oder über einen selbstgeschrieben Windows Service).
Die andere Möglichkeit ist ein serverseitiges Script - im Falle eines IIS möglicherweise ASP.NET - das beim POST abgesprochen wird und das den am Request anhängenden MIME Datenstrom ausliest, ihn speichert und dann die Weiterverarbeitung anstößt. Um zu sagen, wie man das macht, reicht selbst der Hinweis ".net" nicht, weil es da wieder diverse Modelle gibt (Webforms, Webservice, MVC, und mehr). Wenn Du mit anderen Sprachen arbeitest (IIS unterstützt da einiges), musst Du es natürlich mit den Mitteln dieser Sprache tun.
Gruß Rolf