Moment mal. Wenn Du die Daten nutzt, um eine optische Aufbereitung zu erhalten, dann bekommt der Anwender die Daten doch zu sehen. Kannst Du denn nicht eine Vorverarbeitung machen, serverseitig, so dass für die WebGL Verarbeitung genug Informationen da sind, aber der Geheimhaltungsbedarf nicht mehr besteht?
Und wie schon von anderen gesagt - ein C++ Projekt hilft Dir auch nicht wirklich, es hebt die Einbruchsschwelle nur an. Du musst zusehen, dass das, was wirklich geheim sein muss, nicht auf den Client gelangt.
Im Zweifelsfall musst Du auf Reaktionstempo verzichten, die relevanten Berechnungsdaten, die clientspezifisch sind, in einen Ajax-Request verpacken, die Verknüpfung mit den geheimen Daten am Server machen und nur "nackige" WebGL Anweisungen zurückliefern. Weiß nicht, ob und wie das geht, es hängt alles an deinem Usecase.
Rolf