Moin!
Die Dateien für MyISAM dürften kompatibel sein. Schnapp Dir einfach mal ne MyISAM-Datei und probier das aus, eine Datei ist eine Tabelle.
MyISAM? Ernsthaft?
InnoDB ist Stand der Technik.
Ich bin kein Profi im Kopieren von MySQL-Dateien. Aber einer meiner ehemaligen Provider war Profi, der MySQL-Daten zum Sichern einfach nur kopiert hat und ist mit InnoDB mächtig auf die Schnauze gefallen.