Ich bin kein Profi im Kopieren von MySQL-Dateien. Aber einer meiner ehemaligen Provider war Profi, der MySQL-Daten zum Sichern einfach nur kopiert hat und ist mit InnoDB mächtig auf die Schnauze gefallen.
Was kann das für ein Profi gewesen sein? Hat der "Profi" ETWA nicht gewusst, dass InnoDB die Daten nicht in den Verzeichnissen speichert, sondern (per default) in /var/lib/mysql/ib* und dass auch /var/lib/mysql/mysql-bin.* mit kopiert werden muss?
Ach ja. Das man die Datenbank dazu anhalten muss ist hoffentlich auch klar...