Hallo Felix,
z.B. mit SQL-Dump? Oder was meintest Du genau?
Das MySQL-Handbuch lässt sich da ausgiebig drüber aus. Aber prinzipiell gilt: auch das kopieren des MySQL-Data-Directories ist eine valide Backup-Strategie, man muss sich nur die Downtime leisten können (entweder weil die Tabelle oder Datenbank gelockt ist oder weil man den DB-Server beenden muss). Das gilt aber sowohl für InnoDB als auch für MyISAM, sonst wird einem die Datei unterm Arsch verändert.
LG,
CK