Tagwächter: mysqli Abfrage parallel

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Danke, das ist das Problem. Hier gibt es vermutlich keine Lösung - oder?

Doch, gibt es. Die Sache erscheint mir sehr speziell, dass Du wohl das OS kennst und nutzen kannst. Hier mal für Linux/Unix/Mac:

Du startest den Export im Hintergrund und trennst ihn vollständig vom PHP-Skript:

$res = `echo "/usr/bin/php /pfad/zum/export-skript.php" | batch`; 
#oder (schlechter)
$res = `echo "/usr/bin/php /pfad/zum/export-skript.php" | at now`;

batch und at setzen voraus, dass der Dienst atd installiert ist und läuft. Das ist nicht mehr überall der Fall. Installiere das Paket 'at' wenn der Dienst fehlt, sich batch oder at also nicht in einem Terminal aufrufen lässt.

export-skript.php kann auch etwas ganz anderes sein, z.B. ein Shellskript. Es sollte wohl eine Datei bereitstellen, die das Ende bzw. den Erfolg des Prozesses markiert und durch ein weiteres PHP-Skript geprüft und gelöscht wird. Das kann z.B. via einer Ajax-Abfrage regelmäßig geschehen.

mktemp / tempnam könnte hier Wunder wirken :-)

Alternativ kann und sollte das Export-Skript ein Mail mit einem Download-Link für die Export-Datei senden. Grund: Eine Wartezeit von 10 Minuten halte ich für unvertretbar, denn in der Zeit kann clientseitig zu viel passieren