Also so was?
Das setzt dann voraus, dass man nach Navigation per Ajax den Content der mainContainer nachlädt.
Für ein ganzes Dokument würde es wohl einen iframe voraussetzen, dem man opacity gibt. Weil - der Browser zeigt entweder das eine oder das andere Dokument an, du brauchst während der Überblendung aber beide.
Gibt's ein Event, dass das Ende der Animation anzeigt? Das Setzen der active-Klasse würde ich gern bis zum Ende der Animation verzögern, und setTimeout finde ich dafür doof.
Rolf