Naja. Ganz so schlimm ist es hoffentlich nicht.
Ein Problem des IE ist, dass er flex-basis ohne Einheit nicht verdaut. Und ein flex:1;
scheint sowas hervorzubringen. Ich konnte den Footer nach unten verdrängen, in dem ich der .main Klasse ein flex-basis:auto gegeben habe.
Jetzt sind noch einige Elemente zu hoch. Warum DAS so ist, habe ich noch nicht ganz herausgefunden, ich werde aber auch von deiner Flexeritis arg überfahren. Ich bezweifle, dass Du SO viele display:flex Bereiche brauchst. Die solltest Du erstmal auf das nötige Minimum reduzieren.
Ansonsten würde ich Dir noch diesen Text ans Herz legen wollen, sofern Du ihn noch nicht kennst. Vielleicht findest Du darin noch den einen oder anderen Trick.
Sticky Feet werden hier auch noch angesprochen.
HTH
Rolf