Mein Lösungsvorschlag lautet: Verwende SQLite nicht im Multiuser-Betrieb. Dafür ist es eher nicht gemacht.
Solange die SQLite-DB nicht über's Netz angesprochen wird (d.h. du gibst de, SQLite-Konstruktur einen Netzwerk-Pfad mit), solltest Du aber halbwegs safe sein. Die beschriebenen Probleme klingen eher danach, als wollte jemand von mehreren Computern gleichzeitig die gleiche DB-Datei verwenden.
Rolf