Ich kann das nachvollziehen. Man will seinen Kunden ja auch nicht unnötigerweise irgendwelchen potentiellen Lizenzproblemen aussetzen. Open Source Shops sind da mit GPL, BSD, MIT schon recht simpel gestrickt, auch ohne erst drei Mal zum Anwalt rennen zu müssen (und das besser früh als spät). Die Auswahl ist ja auch riesig:
Open Source: 18 Shopsysteme im Überblick
Ich habe Kunden dann immer eins empfohlen, oder Sie wussten schon selber was sie haben wollten und ich wurde damit beauftragt den Shop entsprechend zu erweitern. Bei proprietären Systemen gab es mir zu viele Probleme mit der Erweiterbarkeit.
Der Markt bildet das auch ganz gut ab: Eines meiner letzten Vorstellungsgespräche hatte ich bei einer Agentur, die ausschliessliche Magento + Typo3 im Portfolio hatte - und damit 300 Arbeitsplätze schafft.