Du willst also sagen, dass die selbe Webseite, einmal vom lokalen Apache und einmal vom Webserver geladen, unterschiedlich aussehen?
Dann nimm die Entwicklertools Deines Browsers und sieh nach, ob wirklich in beiden Fällen identische Ressourcen korrekt (also mit Status 200) geladen werden. Einen der zahlreichen möglichen Gründe für abweichendes Verhalten habe ich gerade eben genannt.
Das Vorliegen identischer Dateien auf den verschiedenen Server bedeutet nämlich nicht zwingend, dass diese auch identische Informationen ausliefern.