Hallo Andy,
wenn ich es richtig verstanden habe, willst Du einen Ordner, auf dessen Inhalt niemand aus dem Web zugreifen kann. Dann ist eine .htaccess mit
order deny,allow deny from all
genau richtig.
Dein aufzurufendes php-Script muss natürlich woanders liegen und kann die Dateien in dem geschützten Ordner problemlos lesen. Es greift ja über das File-System und nicht über http auf die Dateien zu.
Passt's? Oder habe ich da etwas falsch verstanden?
Viele Grüße
Wilfried