Moin,
In meiner Unwissenheit könnte ich mir vorstellen, dass die .htaccess im ersten Fall nicht ausgewertet wird aber im zweiten Falle doch.
Wenn die Ressource im ersten Fall über das Dateisystem geht, dann wäre dem so. Wenn in beiden Fällen der Webserver kontaktiert wird und es ein Apache ist, der .htaccess in diesem Verzeichnis erlaubt, wird auch diese Datei in beiden Fällen berücksichtigt.
Viele Grüße
Robert