open(my $fh, ">:raw", $file) ... Das soll das Filehandle in den binmode schalten.
Das ist an dieser Stelle zu spät. Machs mit IO::File (sysopen) und setze das Flag O_BINMODE.
Andernfalls:
open FH, "> d:/tmp/f.txt";
print FH "\r\n";
# 0D 0D 0A
MfG