Und der Vollständigkeit halber, falls jemand hier mal nachliest:
find . -name sub2 ! -path "./my_dest/*" -exec cp -r --parents {} /path/to/my_dest \;
find . = vom aktuellen Verzeichnis
-name sub2 = zu suchendes verzeichnis
! -path "./my_dest/*" = zu übergehendes Verzeichnis
Rest = selbsterklärend
Pit