vermutlich war es so, wie dedlfix schrieb:
Es scheint, dass da bereits ein Tablespace existiert, der nun im Weg liegt.
Mit dem Löschen des Verzeichnisses /var/lib/mysql/MYDB hast Du auch die zu diesem gehörenden Dateien gelöscht. Allerdings ist dieses Vorgehen sehr unsauber, denn womöglich könnte jetzt
select * from INFORMATION_SCHEMA.TABLESPACES
und
select * from INFORMATION_SCHEMA.FILES
zeigen, dass es für den Tablespace "MYDB" womöglich noch Einträge gibt. Die müss(t)en dann noch weg, weil das zu zukünftigen Fehlern führen kann. Die Informationen dazu, wie MYSQL damit umgeht, wenn dessen Dateien derart wild auf Dateisystemebene und womöglich bei laufenden Server gelöscht werden, sind zumindest im Handbuch "rar". Wahrscheinlich haben die Autoren ein solch wildes Vorgehen nicht mal vorhergesehen…
Andererseits sollte das
DROP DATABASE IF EXISTS `MYDB`;
eigentlich auch den zugehörigen Tablespace MYDB
.tabellenname
gelöscht haben… Nur weiß hier niemand, was genau Du wann getan hast…