Tach!
Was mache ich nur falsch?
Die einfachste Vorgehensweise ist, das zentrale (Bare-)Repo zuerst zu erstellen und die lokalen Kopien als Clone von diesem zentralen zu ziehen. Dann wissen die Repos quasi, dass sie zusammengehören.
Ich kann dir nicht genau sagen, wie du die einzeln angelegten zusammenführst. Wenn ich das bei mir so mache, also zuerst ein Arbeits-Repo und dazu ein Bare anderenorts, dann macht mein "Git Extensions" alles notwendige, dass die beiden zueinander finden.
dedlfix.