/var/lib/mysql-files/
Oha. Wenn darin ein via Webserver aufgerufenes Skript herumschreibt mag das nicht jeder Admin mögen und deshalb durchaus Probleme geben.
Es gibt, je nach Linux und Installation durchaus noch ein paar 'Zugriffsverhinderer' mehr: appamor, SELinux
Eventuell findet sich was in den passenden Logfiles.