Laut Handbuch geht
LOAD DATA INFILE '/tmp/test.txt' …;
sehr wohl. Bauchschmerzen bereitet mir das Umbenennen der Dateien durch den Webserver-Benutzer, unter den PHP wohl (Es gibt genug Methoden das zu ändern) auch läuft.
Ich denke, Du hast, was das Einlesen betrifft, ein schnödes Rechte-Problem.