Dein PHP Skript

[Raketenwissenschaftler]

      $shell = 'ls -l ' . escape_shell_arg( $file );
      echo `$shell` . PHP_EOL;
      echo '</pre>';
    }

Verbessert:

      $shell = 'ls -l ' . escape_shell_arg( $file ) . ' 2>&1';;
      echo `$shell` . PHP_EOL;
      echo '</pre>';

Duuch die Umleitung (2>&1) der Fehlerkonsole bekommst Du in PHP eine Fehlermeldung angezeigt, wenn die Datei nicht existert, statt einer leeren Zeile.