Das heißt also, wenn ich eine Query hätte
Du kannst in der Tabellendefinition einen Unique-Index über die beiden Spalten setzen. Falls diese beiden Spalten nur pro Import "unique" sein müssen, dann nimm eine temporäre Tabelle und schreibe deren Inhalt in einem zweiten Schritt in die eigentliche Tabelle.
Aber eigentlich würde ich wohl zu sort
greifen. Frage: Was meinst Du mit "große Datei"?