Die Zeilenende-Controls macht der Browser, das hat mit PHP nichts zu tun. Das kannst Du selber prüfen indem Du im Formular einen Zeilenumbruch machst
<form>
<textarea name="t"></textarea>
<button>...</button>
</form>
und dann guckst was nach dem Klick auf den Button in der Adresszeile steht: ?t=%0D%0A
Davon abgesehen sollte der Transport von solchen Dingen wie Zeilenumbruchkodierung unabhängig sein. Da ist es schon ein bischen ungeschickt eine CSV Datei zu nehmen.
MFG